Ses origines datent du début du XVe siècle quand le premier bâtiment a été acheté par le roi Wladyslaw Jagellon de la famille Pecherz. Avec le temps d'autres bâtiments ont été acquis et à la fin du XVe siècle le siège de l'université a pris presque sa forme finale.
Actuellement le Collegium Maius abrite le musée de l'Université Jagellonne où on peut admirer une vaste collection d'instruments historiques en lien avec l'astronomie, la météorologie, la cartographie, la physique et la chimie.
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